Prva bosanskohercegovačka reprezentacija nakon proglašenja nezavisnosti je bila mediteranska ekipa koja je učestvovala na
Mediteranskim igrama 1993. u
Montpelliereu,
Francuska. Prvu utakmicu BiH je odigrala protiv reprezentacije Alžira.
Bosanskohercegovačka "A" nogometna reprezentacija je svoju prvu zvaničnu utakmicu odigrala
1995. protiv
Albanije u gostima. Godinu poslije, bh. nogometni savez je primljen u svjetsku nogometnu federaciju
FIFA, što je omogućilo i prvo sudjelovanje u kvalifikacijama za
SP u Francuskoj 1998. Prvi kvalifikacijski meč odigran je na gostujućem terenu protiv
Grčke, u Kalmati.
1998.godine bh. nogometni savez je primljen u europsku nogometnu federaciju
UEFAkao punopravan član. Iako je u dva navrata dolazila do na korak od
plasmana na neko veliko natjecanje, reprezentacija BiH još uvijek nema
nastup na Europskom ili Svjetskom prvenstvu. Nakon lošeg starta u
kvalifikacijama za
EURO 2008 i bojkota nekoliko standardnih igrača smjenjen je dotadašnji izbornik
Blaž Slišković. U siječnju 2008. godine
Meho Kodro izabran je za izbornika reprezentacije između protukandidata
Lothara Matthaeusa i
Zlatka Cice Kranjčara.
16. svibnja iste godine dobiva otkaz i odlazi sa klupe žuto-plavi.Kao
razlog smijene se ističe Kodrino odbijanje da vodi reprezentaciju na
prijateljsku utakmicu sa Iranom. Više članova izvršnog odbora je
također podnijelo ostavku.